プロローグ
【青の月】
突然、アリサ3世からビーム攻撃を受けエネルギー炉に命中してしまう。
アイン王とランは、サテライトと運命を共にし、死亡。
二人の息子シーンは、爆発直前に国民と共にロケットで脱出、アリサ3世の砂漠の世界に不時着する。
まずはリークへ向かうことに。
【ハサタカ】
セーブするためにとりあえず立ち寄ろう。
【ヒューリ】
【ライスル】
特に目新しい情報は無い。
【リーク】
現在はリンが女王として、この国を治めている。
西方から、ルーンという男がモンスター軍団を率い攻めてきたという。
「ライアの宝」というものがあれば、争いを止めさせる事ができるらしい。
「ライアの宝」を得るための古代の機械が、南西の世界にあるとのこと。機械を得るため、南西の世界へ。
【南西の洞窟】
南西の世界へ向かう（マップ）。
入手アイテム…あさつゆのリボン、カノン、セラミックシールド
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洞窟を抜けてから南西へ向かうと到着する。
城を挟んで城下町が南北に存在する。
地下牢を通って南へ。
入手アイテム…トリメイト、アンティポイズン
隠された機械があるという、西にある隠れ家へ。
【隠れ家】
西の森を抜け、南へ回りこんだところにある洞窟。
入手アイテム…あさやけのかぶと、セラミックバンド、セラミックギア、サブマリンパーツ、レーザークロー、レーザーソード
サブマリンパーツを入手。これで水中に潜る事が出来るようになる。砂漠の世界へ。
【ライア神殿】
ハサタカのすぐ南側に行くと、シーレンが変形。地下へ。
伝説の女神ライアの妹、二代目ライアがいる。ライアが仲間に。
地上に戻り、ハサタカの南西にある洞窟へ。
【南西の洞窟】
神秘の星があれば入る事が出来る（マップ）。洞窟を抜けて雪の世界へ。
入手アイテム…レーザーナイフ、ぎんのかんむり、レーザーボウ、よそおいのつえ
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南から回りこんだ所にある。
城へライアペンダントを取りに行く。
【マイストーク城】
入手アイテム…トリメイト、アンティポイズン、ライアペンダント
ライアペンダント入手。アイテムとして使用すると、姉ライアの声が歴史の真実を語り出す。
ルーンに会うため、紫の月へ向かう。
雪の世界の北西にあるライアの神殿を通って、パイロッタへ。
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ライア神殿を抜けて北へ進んだところにある。
紫の月へ行けるロケットが、村の地下にある。
村の小道の端（右下の当たり）から地下へ。
【秘密の通路】
ロケットの格納庫へと通じる道。
入手アイテム…モノメイト
ロケットに乗って、紫の月へ。
【紫の月】
アリサ3世の人工衛星。ここも宇宙船のひとつである。
入手アイテム…ゆきのかんむり、ストームギア、ラコニアギア、ラコニアクラウン、ラコニアのバンダナ、スカイパーツ
奥でルーンに出会う。現在各地を襲っているモンスターは、ルーンが放ったものではないという。何か別の勢力が動いているようだ。
ルーンの娘ルナが仲間に。地下にあるスカイパーツを入手し、雪の世界へ戻る。
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歴史の語り部達の住む村。スカイパーツ入手により行くことが出来るようになる、雪の世界の西部にある村。
ここで、我々がパルマ人の末裔であることを知る。
【クランクレア】
宙に浮いているので、スカイシーレンでないと行くことが出来ない。
邪悪な力に勝つためには、「伝説の武器」が必要だという。
地下にあるマリンパーツを入手し、水の世界にある賢者の島へ。
入手アイテム…スターアトマイザー、ラコニアリボン、ムーンアトマイザー、マリンパーツ、きふじんのゆみ、クィーンクラウン
【アゴエ】
賢者の島はアゴエの北東にある。マリンシーレンで島へ向かおう。
【賢者の島】
入口から右へ進むと、奥にサイレンがいる。彼に話し掛けると、サイレンショットを入手できる。
入口から左へ進むと、賢者がいる。
入手アイテム…サイレンショット、ていおうのつるぎ、グリーンスリーブ、パルスショット、ていおうのたて
【海底の城】
リークの世界の南西当たりからマリンシーレンで、港町ヤータの南にある海底に沈んだ城へ行く。
この城の中にはオラキオの剣が眠っている。
剣を引き抜くと、封印されていたダークファルスが甦ってしまう。迷惑な話である。
【砂漠の世界】
オラキオの剣を持っている状態で、砂漠をさまよっているミューンに話し掛けると、ミューンクローを入手できる。
これで伝説の武器が全て揃った。賢者の島へ。
【賢者の島】
とくべつの名前の封印を解いてもらう。
伝説の武器を、最強の武器にしてもらうため、クランクレアへ。
【クランクレア】
命と引き換えに唱える祈りにより、伝説の武器は、最強の武器「ネイシリーズウェポン」へと変化。
邪悪なる者を討つ為、ルラキルの居城ラシュートへ。
【ラシュート】
城の最深部でルラキルが待ち構えている。そして戦闘に。
ルラキルを倒し、さらに城の奥へ。
入手アイテム…ラコニアエーメル、ラコニアシールド、ラコニアメット、スターアトマイザー、ムーンアトマイザー、マキシマムギア
最深部の宝箱を開けるとダークファルスが。戦闘に。
ダークファルスを打ち倒し、エンディングへ。